Соответствие счета-фактуры и акта выполненных работ

Добрый день. У нас ООО на общем режиме. Транспортная компания (ООО, работают с НДС) оказывает нам услуги. На оплату нам выставляют счета, а когда услуга оказана выставляют счет фактуру и акт выполненных работ. Сумма счета и счета фактуры часто не совпадают, так как в счет включается въезд на терминал, а по факту услуги этого не происходит, получается переплата.  Но в услуге есть страховка, которая не облагается НДС. До ноября 2015 года сумма услуг в счете фактуре и акте выполненных работ совпадала, в счете фактуре были две строчки, одна с НДС и вторая без НДС, акт со счет фактурой совпадал. А с ноября 2015 года вступили новые изменения в налоговый кодекс по НДС, на основании которых транспортная компания выставляет счет фактуру на одну сумму (включает туда услугу с НДС), а в акте уже две строки, одна с НДС и вторая без НДС. В результате сумма услуги в счете фактуре и в акте не совпадает. А счет примерный, поэтому для подтверждения расходов он не подходит. Правильно ли они делают? Спасибо.